Музей получил название по месту своего нахождения, расположившись в одном из роскошных барочных палаццо в историческом миланском районе Брера. Датой основания пинакотеки считается 1809 год, когда в находившейся под французским протекторатом Италии начали активно открываться публичные музеи. В то время коллекция была дополнена множеством произведений искусства из Северной и Центральной части Апеннинского полуострова, став одним из самых значительных собраний не только в Италии, но и во всей Европе. За время своего существования музей неизменно продолжал пополняться и сегодня он располагает произведениями искусства, создателями которых являются такие великие мастера, как Веронезе, Мантенья, Беллини, Тинторетто, Джентиле, Беллини, Рафаэль, Караваджо, Эль Греко, Рубенс, Ван Дейк и Рембрандт. Живопись XX столетия представлена в пинакотеке, в основном, работами итальянских мастеров, среди которых можно выделить Модильяни, Боччони, Карра и Моранди.