Датой основания музея считается 1798 год, когда наполеоновским оккупационным правительством было принято решение сгруппировать в единую экспозицию самые значимые произведения искусства, оставшиеся в Генте после его разорения французской армией. Так появился Музей департамента Шельды, правопреемником которого сегодня считается гентский Музей изящных искусств. После освобождения Бельгии многие увезенные из нее художественные ценности были возвращены на родину и тоже вошли в коллекцию нового музея. В 1898 году архитектором Шарлем Рейссельбергом было начато строительство современного здания музея, которое было завершено в 1913 году. За годы своего существования собрание неизменно пополнялось за счет щедрых меценатских акций и успешной работы своего художественного правления, что позволило войти в коллекцию произведениям искусства различных европейских эпох и направлений, среди которых особенно выделяются работы Тинторетто, Жерико, Коро и Добиньи. Тем не менее, основу коллекции составляет живопись фламандских, голландских и бельгийских художников, представленная такими именами, как Рубенс, Ван Дейк, Босх, Хеда, Йорданс, ван де Вельде, Халс, Кнопф, Магритт и Дельво. Также собрание включает в себя значительное количество скульптур.